Sekolah Menengah Pertama Hikmah Yapis Jayapura didirikan pada tanggal 15 Januari tahun 1970 dengan surat keputusan nomor 643A/KPTS/1974 tentang pengesahan berdirinya SMP Hikmah Yapis Jayapura oleh Yayasan Pendidikan Islam Yapis (YAPIS) Pusat Irian Jaya. Sekolah Menengah Pertama Hikmah Yapis Jayapura berada dibawah naungan Yayasan Pendidikan Islam Papua yang beralamat di jl. Dr. Samratulamngi No. 3 Jayapura Kelurahan Mandala, Distrik Jayapura Utara Kota Jayapura Provinsi Papua.